Kurikulum yang berlaku dan digunakan di STAI Al-Mahdi Fakfak adalah kurikulum Program Sarjana (S1) yang dikembangakn dari Peraturan Presiden Republik

Sebagaimana tercermin dalam pemikiran yang melatarbelakangi pendirian STAI AlMahdi FakFak, sedikit banyak telah memberi gambaran tentang motivasi pendirian STAI Al-Mahdi.

Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al Mahdi sebagai Perguruan Tinggi keagamaan Islam di kabupaten FakFak didirikan pada tahun 1996, yang

STAI Al-Mahdi sebagai PTKIS yang unggul oleh karena di Kabupaten Fakfak sebagai satu-satunya perguruan tinggi agama Islam di daerah ini,