Program Studi Hukum Pidana Islam STAI Al-Mahdi Fakfak dirancang untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kedalaman ilmu dan keahlian praktis dalam menganalisis serta menerapkan norma-norma pidana Islam (Jinayah) yang diintegrasikan dengan hukum positif di Indonesia. Program ini bertujuan membekali mahasiswa dengan kemampuan berpikir kritis dan etis untuk memecahkan persoalan hukum di masyarakat, sehingga mereka mampu menjadi praktisi hukum, peneliti, atau konsultan yang profesional, religius, dan menjunjung tinggi nilai-nilai keadilan serta kemanusiaan
Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) STAI Al-Mahdih Fakfak dirancang untuk menghasilkan lulusan yang memiliki kompetensi akademik dan profesional dalam merencanakan, melaksanakan, dan mengevaluasi pembelajaran Islam di berbagai jenjang pendidikan. Lulusan dibekali dengan kedalaman spiritual, keluasan ilmu pengetahuan berbasis teknologi, serta karakter yang moderat agar mampu menjadi pendidik yang inovatif, peneliti pemula yang kritis, serta pengembang bahan ajar yang relevan dengan kebutuhan zaman.
Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI) STAI Al Mahdi Fakfak di rancang untuk menghasilkan lulusan calon guru kelas yang profesional, kompeten, dan berakhlak mulia untuk tingkat dasar/MI, dengan mengintegrasikan keilmuan pedagogik modern, penguasaan materi mata pelajaran, serta nilai-nilai keislaman yang moderat guna menjawab tantangan pendidikan di era digital.
Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al Mahdi sebagai Perguruan Tinggi keagamaan Islam di kabupaten FakFak didirikan pada tahun 1996, yang proses awal pendiriannya dicetuskan dan digagas oleh beberapa orang mantan aktifis Himpunan Mahasiswa Islam (HMI) asal FakFak yang ketika itu aktif sebagai Mahasiswa di beberapa Perguruan Tinggi di luar kota FakFak serta terlibat sebagai pengurus organisasi kemahasiswaan antara tahun 80 an sampai dengan tahun 90 an. Selama masa ini, mantan aktifis HMI ini terlibat dalam diskusi intens tentang masalah kemajuan umat Islam di Kabupaten FakFak, terutama untuk mendirikan Perguruan Tinggi Islam. Dari diskusi mantan aktifis HMI ini sampai kepada kesimpulan bahwa harus didirikan perguruan Tinggi di Kabupaten FakFak, terutama pada momen kegiatan LK II HMI Cabang Jayapura yang dilaksanakan di Sorong tahun 1992.
Kurikulum yang berlaku dan digunakan di STAI Al-Mahdi Fakfak adalah kurikulum Program Sarjana (S1) yang dikembangakn dari Peraturan Presiden Republik
Sebagaimana tercermin dalam pemikiran yang melatarbelakangi pendirian STAI AlMahdi FakFak, sedikit banyak telah memberi gambaran tentang motivasi pendirian STAI Al-Mahdi.
Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI) Al Mahdi sebagai Perguruan Tinggi keagamaan Islam di kabupaten FakFak didirikan pada tahun 1996, yang
STAI Al-Mahdi sebagai PTKIS yang unggul oleh karena di Kabupaten Fakfak sebagai satu-satunya perguruan tinggi agama Islam di daerah ini,
JL. DR. SAM RATULANGI, (NURI DALAM) KELURAHAN WAGOM DISTRIK PARIWARI, KABUPATEN FAKFAK PROPINSI PAPUA BARAT
