Sebagaimana tercermin dalam pemikiran yang melatarbelakangi pendirian STAI AlMahdi FakFak, sedikit banyak telah memberi gambaran tentang motivasi pendirian STAI Al-Mahdi. Sekitar tahun 80 an sampai dengan 90 an, oleh pemerintah ORDE BARU, berusaha membangun masyarakat FakFak yang maju baik fisik maupun non fisik dan bertepatan dengan itu atas dukung politik masyarakat FakFak, muncullah pemikiran untuk mendirikan sebuah Perguruan Tinggi di FakFak, sebagai wujud manifestasi keberhasilan pembangunan agar dinikmati oleh masyarakat FakFak. Disamping itu, dengan adanya sebuah Perguruan Tinggi, dari segi ekonomi minimal dapat menghemat biaya pendidikan bagi sebagian orang tua, yang mempunyai animo untuk melanjutkan pendidikan anakanaknya pada Perguruan Tinggi diluar daerah FakFak maupun daerah lainnya.
Setelah segala sesuatunya sampai pada tingkat sosialisasi dan antisipasi untuk mewujudkan keinginan luhur ini, tepat pada tahun 1996 STAI Al-Fatah Jayapura kelas filial FakFak berdiri dengan resmi di Kabupaten FakFak. Sosialisai pendirian STAI AlFatah Jayapura kelas filial FakFak antara lain diadakan pertemuan atau rapat untuk membicarakan rencana pendirian sekolah Tinggi ini yang dihadiri oleh tokoh masyarakat, tokoh pendidikan, tokoh agama, tokoh adapt, pejabat pemerintah/legislative dan mendapat sambuatan positif dari tokoh-tokoh yang hadir sekaligus membentuk panitia penerimaan Mahasiswa baru. Untuk peresmian pendirian sekolah tinggi ini ditandai dengan pidato/sambutan Bupati Kepala Daerah Tingkat II FakFak, masing-masing dalam acara pembukaan penataran dan ospek serta pada acara pembukaan kuliah perdana. Peresmian pendirian sekolah tinggi ini sempat diliput dan dipublikasikan lewat berita nasional RRI pusat dan RRI regional FakFak. Inilah awal sejarah dan rentetan panjang perjuangan tokoh-tokoh muda untuk pendirian sebuah Perguruan Tinggi agama Islam di Kabupaten FakFak. Jika dilihat dari latar belakang dan kondisi obyektif masyarakat FakFak serta keinginan untuk mendirikan sebuah perguruan tinggi, terbesit suatu cita-cita murni yang kemudian diartikulasi dan diantisipasi oleh tokoh muda, juga merupakan perjuangan murni tanpa mempunyai tendensi-tendensi tertentu. Semua ini berkat pemahaman para tokoh muda ini terhadapat makna kader yang diperoleh melalui pengkaderan formal HMI, dan perjuangan untuk mewujudkan tujuan HMI, yaitu terwujudnya masyarakat yang adil dan makmur yang diridoi Allah SWT, dan mengambil bentuk jalur pangabdian di bidang pendidikan.