Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) STAI Al-Mahdi Fakfak merupakan program yang dirancang untuk mencetak pendidik, tenaga profesional, dan pemimpin pendidikan Islam yang berkompeten, berakhlak mulia, serta mampu menjawab tantangan dunia pendidikan di era modern. Prodi PAI hadir sebagai salah satu pilar utama dalam pelatihan dan pengembangan keilmuan pendidikan Islam di wilayah Papua Barat.

Kurikulum PAI disusun secara komprehensif dengan memadukan teori kependidikan, ilmu keislaman, dan keterampilan praktis, sehingga peserta didik mampu menguasai berbagai disiplin ilmu seperti metodologi pembelajaran PAI , ilmu tarbiyah , fiqh , hadis , Al-Qur’an dan tafsir , psikologi pendidikan , serta manajemen pendidikan . Proses pembelajaran didukung oleh dosen-dosen berpengalaman dan fasilitas akademik yang mumpuni, menciptakan lingkungan belajar yang interaktif, inovatif, dan berbasis nilai-nilai spiritual.

Mahasiswa PAI juga dibekali dengan pengalaman praktik melalui PPL (Praktik Pengalaman Lapangan) di berbagai sekolah dan lembaga pendidikan, pelatihan micro-teaching, penelitian pendidikan, serta kegiatan pengabdian kepada masyarakat. Hal ini bertujuan untuk membentuk calon pendidik yang tidak hanya menguasai materi, tetapi juga terampil dalam mengajar, berkomunikasi, serta mampu menjadi teladan bagi peserta didik.

Lulusan Program Studi Pendidikan Agama Islam STAI Al-Mahdi Fakfak dipersiapkan untuk berkarier sebagai guru PAI , pengelola lembaga pendidikan , penyuluh agama , konselor pendidikan , peneliti , maupun sebagai tenaga profesional lainnya di bidang pendidikan dan keagamaan. Dengan landasan ilmu yang kuat dan akhlak yang terjaga, lulusan PAI diharapkan mampu berperan aktif dalam mencerdaskan kehidupan bangsa dan membangun masyarakat yang berkarakter Islami.