Sejarah dan gagasan pendirian STAI Al-Mahdi FakFak, sebenarnya tidak terlepas dari kondisi sosial masyarakat FakFak ketika itu, dan juga tidak terlepas dari kiprah beberapa mantan aktifis HMI asal FakFak yang sedang melanjutkan pendidikan tingginya diluar FakFak.Agar supaya pembahsan latar belakang dan gagasan pendirian STAI Al-Mahdi FakFak menjadi menarik dan sistematis, dikemukakan latar belakangnya dan gagasan pendiriannya sebagai berikut:
Gambaran kabupaten Fakfak yang melatarbelakangi pendirian STAI Al-Mahdi, sepenuhnya didasarkan atas beberapa pemikiran, antara lain latar belakang sosial politik, ekonomi, sosial budaya, citi-cita dan sebagainya. Dengan demikian, dapatlah di kemukakan beberapa diantaranya sebagai beikut: yang pertama, bahwa kabupaten Fakfak adalah salah satu kabupaten tertua di provinsi Papua dan Papua Barat, yang dalam sejarah, telah berintegrasi dengan NKRI bersamaan dengan kabupaten lainnya pada tanggal 1 Mei 1963. Selain itu, berdasarkan keterangan sejarah jadinya, kabupaten FakFak sebagai suatu kawasan dan mulai terkenal di luar dimulai pada tanggal 16 November 1901. Dari segi sejarah perjuangan, Kabupaten FakFak merupakan suatu basis kekuatan yang cukup andil dalam melawan penjajahan, bahkan sempat mengukir tinta emas dalam sejarah perjuangan bangsa Indonesia. Kedua, dari segi kenyataan bahwa FakFak yang disebut sebagai serambi Mekkahnya Papua dan Papua Barat, merupakan kabupaten dengan jumlah penduduk muslim terbanyak di provinsi Papua dan Papua Barat, dengan jumlah penduduk secara keseluruhan sekitar 77.808 jiwa, dengan rincian 43.753, dari jumlah tersebut adalah yang beragama Islam atau sekitar 50,18 %.. Ketiga, dari segi sejarah masuknya Islam di tanah Papua khususnya dikabupaten FakFak, sesuai hasil seminar sejarah masuknya Islam di Kabupaten FakFak tanggal 11 Februari 2025 ditetapkan bahwa Islam masuk di FakFak pada tanggal 08 Agustus 1360 dan bermula di Gar Tuare. Pendapat ini diperkuat oleh seorang sejarahwan bahwa pada tahun 1663, seorang pengeliling bernama N. Vink, penemu teluk Bintuni sudah melihat adanya Islam disitu. Keempat, dari segi sosial budaya, pola hubungan sosial budaya yang diabngun masyarakat FakFak terkesan sangat unik bila dibandingkan dengan daerah lainnya ditanah Papua dan Papua Barat.
Menurut catatan sejarah, bahwa agama menjadi sumber pembentukan dan pengembangan peradaban masyarakat FakFak, sehingga sampai kini keunikan dalam hubungan sosial budaya menembus sampai kepada masalah agama, dan keunikan itu tercermin dalam semboyan “Satu tungku tiga Batu”. Kelima, dari segi kepemimpinan Tradisional, di FakFak ada kepemimpinan Tradisional yang disebut Raja, yang walaupun didaerah lainnya terdapat sisitem kepemimpinan tradidional yang tidak seperti Raja. Sistem kepemimpinan Tradisional ini meliputi tujuh Raja yang masing-masing mempunyai wilayah petuanan,cirri khas bahasa, kesenian, dan adapt istiadat, masing-masing Raja Ati-Ati, Raja Fatagar, Raja Rumbati, Raja Patipi, Raja Wertuar, Raja PikPik Sekar dan Raja Arguni. Ketujuan Raja dan Pimpinan adapt ini beragama Islam. Keenam, di FakFak pada waktu itu telah ada beberapa lembaga pendidikan Menengah, seperti SMU Negeri 1, SMK Yapis, Madrasah Aliyah, SMU Neger 2, dan perkembangan lulusan SMU/MA/SMK di beberapa daerah di luar FakFak, misalnya Kaimana, Bintuni dan Daerah Seram.
Sebagaimana tercermin dalam pemikiran yang melatarbelakangi pendirian STAI AlMahdi FakFak, sedikit banyak telah memberi gambaran tentang motivasi pendirian STAI Al-Mahdi. Sekitar tahun 80 an sampai dengan 90 an, oleh pemerintah ORDE BARU, berusaha membangun masyarakat FakFak yang maju baik fisik maupun non fisik dan bertepatan dengan itu atas dukung politik masyarakat FakFak, muncullah pemikiran untuk mendirikan sebuah Perguruan Tinggi di FakFak, sebagai wujud manifestasi keberhasilan pembangunan agar dinikmati oleh masyarakat FakFak. Disamping itu, dengan adanya sebuah Perguruan Tinggi, dari segi ekonomi minimal dapat menghemat biaya pendidikan bagi sebagian orang tua, yang mempunyai animo untuk melanjutkan pendidikan anakanaknya pada Perguruan Tinggi diluar daerah FakFak maupun daerah lainnya. Begitu pula, ketika tahun 1980 an sampai dengan tahun 1990 an, oleh sebagian pengurus YAPIS FakFak ingin mendirikan sebuah Perguruan Tinggi dengan nama STIA YAPIS FakFak, akan tetapi upaya ini kandas ditengah jalan, disebabkan adanya alasan birokrasi yang bertele-tele di Kopertis wil.12 serta sikap pimpinan Daerah FakFak yang tidak respek.
Sementara itu, sebagaimana telah dideskripsikan, beberapa orang anak muda asal FakFak yang sedang melanjutkan pendidikan tingginya diluar daerah FakFak, juga mencoba untuk mendiskusikan perihal berdirinya sebuah Perguruan Tinggi di daerah FakFak. Ketika berstudi itu, seiring dengan keterlibatan mereka sebagai aktifis Kampus dan aktifis HMI, ide pendirian Perguruan Tinggi semakin getol untuk didiskusikan dan mendapat perhatian sungguh-sungguh. Intensitas diskusi ini sifatnya lepas tetapi masih dalam bingkai obsesi seorang Mahasiswa Muslim. Untuk Daerah Jayapura, alm. Najamuddin Mokan beserta beberapa orang temannya yang aktifis HMI Cabang Irian Jaya sangat Intens mendiskusikan gagasan ini, begitu pula di Ternate, penulis beserta beberapa orang teman juga intens mendiskusikan hal yang sama. Ketika tahun 1991/1992, alm. Najamuddin Mokan yang saat itu menjabat sebagai ketua umum HMI Cabag Irian Jaya, melaksanakan kegiatan Latikan Kepemimpinan II (Intermediate Training) HMI Cabag Irian Jaya di Sorong, berkesempatan mengundang pengurus HMI Cabang Ternate sebagai tim instruktur Nilai Dasar Perjuangan (NDP). Pada momentum LK II HMI Cabang irian Jaya inilah obsesi dan gagasan antara kedua kubu, masing-masing kubu aktifi HMI Cabang Irian Jaya dan Ternate, dibulatkan dan dimatangkan. Semula bahan pembicaraan dan diskusi bersifat umum, sebatas perguruan Tinggi, kemudian dikhususkan lagi pada format pemikiran untuk mendirikan perguruan Tinggi Islam
Setelah selesai menjabat sebagai ketua umum HMI cabang Irian Jaya, pada sekitar tahun 1994, alm. Najamuddin Mokan, juga menyelesaikan studi sarjana S1 pada STAI Al-Fatah Jayapura, diberi kesempatan oleh Almamaternya untuk mengabdikan ilmunya sebagai pengajar pada Almamaternya. Disinilah kesempatan bagi almarhum untuk mengartikulasi sekaligus merealisasikan gagasan-gagasan yang menjadi obsesi itu. Kebetulan pada tahun-tahun tersbut sedang digodok peraturan pemerintah yang mengatur tentangpenyelenggaraan pendidikan kelas jauh, sebelum peraturan tersebut diundangkan, alm. Najamuddin Mokan menggunakan kesempatan ini untuk membuka STAI Al-Fatah kelas filial di FakFak, antara lain dikonsultasikan dan dikoordinasikan dengan pompinan STAI Al-Fatah sekaligus memohon rekomendasi, dan dikonsultasikan dan dikoordinasikan lebih lanjut dengan pimpinan Daerah FakFak yang kebetulan sedang berdinas di Jayapura.
Setelah segala sesuatunya sampai pada tingkat sosialisasi dan antisipasi untuk mewujudkan keinginan luhur ini, tepat pada tahun 1996 STAI Al-Fatah Jayapura kelas filial FakFak berdiri dengan resmi di Kabupaten FakFak. Sosialisai pendirian STAI AlFatah Jayapura kelas filial FakFak antara lain diadakan pertemuan atau rapat untuk membicarakan rencana pendirian sekolah Tinggi ini yang dihadiri oleh tokoh masyarakat, tokoh pendidikan, tokoh agama, tokoh adapt, pejabat pemerintah/legislative dan mendapat sambuatan positif dari tokoh-tokoh yang hadir sekaligus membentuk panitia penerimaan Mahasiswa baru. Untuk peresmian pendirian sekolah tinggi ini ditandai dengan pidato/sambutan Bupati Kepala Daerah Tingkat II FakFak, masing-masing dalam acara pembukaan penataran dan ospek serta pada acara pembukaan kuliah perdana. Peresmian pendirian sekolah tinggi ini sempat diliput dan dipublikasikan lewat berita nasional RRI pusat dan RRI regional FakFak. Inilah awal sejarah dan rentetan panjang perjuangan tokoh-tokoh muda untuk pendirian sebuah Perguruan Tinggi agama Islam di Kabupaten FakFak. Jika dilihat dari latar belakang dan kondisi obyektif masyarakat FakFak serta keinginan untuk mendirikan sebuah perguruan tinggi, terbesit suatu cita-cita murni yang kemudian diartikulasi dan diantisipasi oleh tokoh muda, juga merupakan perjuangan murni tanpa mempunyai tendensi-tendensi tertentu. Semua ini berkat pemahaman para tokoh muda ini terhadapat makna kader yang diperoleh melalui pengkaderan formal HMI, dan perjuangan untuk mewujudkan tujuan HMI, yaitu terwujudnya masyarakat yang adil dan makmur yang diridoi Allah SWT, dan mengambil bentuk jalur pangabdian di bidang pendidikan.
