STAI Al-Mahdi sebagai PTKIS yang unggul oleh karena di Kabupaten Fakfak sebagai satu-satunya perguruan tinggi agama Islam di daerah ini, sehingga keunggulan tersebut secara eksplisit dilaksanakan dalam menyelenggarakan pendidikan akademik rumpun ilmu agama Islam jenjang program sarjana bidang pendidikan dan hukum Islam. Penjabaran dari pelaksanaan pendidikan akademik tampak dari desain kurikulum jenjang program sarajana yang dimulai dari penerimaan mahasiswa baru dilakukan test baca-tulis Al-Qur’an hingga diberikannya mata kuliah ke-Islaman untuk mendalami ilmu-ilmu Islam. Pada saat seminar proposal dan ujian akhir masih diberlakukan test baca-tulis Al-Qur’an dengan ketentuan bagi mahasiswa yang belum mampu/lancar membaca dan menulis Al-Qur’an tidak diberikan Ijasah hingga yang bersangkutan mampu dan lancar membaca-menulis Al-Qur’an.
Adapun kompetitif adalah keberadaan STAI Al-Mahdi Fakfak sebagai PTKIS bersaing dengan perguruan tinggi lainnya yang ada di Kabupaten Fakfak dari sisi pengelolaan dan penyelenggaraan, penerimaan mahasiswa hingga lulusannya dalam pasar kerja. Sesuai hasil studi pelacakan terhadap lulusan STAI Al-Mahdi Fakfak didunia kerja, sebagian besar lulusan STAI Al-Mahdi telah terserap dalam dunia kerja sebagai ASN, pegawai swasta, penyluh agama, Advokat, politisi dan pegawai lainnya dengan penilaian positif terhadap lulusan STAI Al-Mahdi Fakfak mencakup sikap dan perilaku, kompetensi, manajerial, komunikasi dan penguasaan IT.