Kurikulum yang berlaku dan digunakan di STAI Al-Mahdi Fakfak adalah kurikulum Program Sarjana (S1) yang dikembangakn dari Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 8 Tahun 2012 Tentang Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia dan Peraturan Menteri Riset, Teknologi, Dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 44 Tahun 2015 Tentang Standar Nasional Pendidikan Tinggi. Adapun proses Pembelajaran dilakukan dengan mengimplementasikan dharma pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat secara terpadu yang bentuknya antara lain ; pertemuan tatap muka, responsi dan tutorial;seminar, praktikum, praktik studio, praktik bengkel, praktik lapangan/kuliah lapangan. Proses pembelajaran memiliki karakteristik; interaktif, holistik, integratif, saintifik, kontekstual, tematik, efektif, kolaboratif, dan berpusat pada mahasiswa dengan menggunakan pendekatan Student Centered Learning (SCL). Pembelajaran dirancang dan dilaksanakan dengan memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk mencapai hasil belajar sesuai dengan CPL yang diharapkan. Dalam hal ini dosen menjadi fasilitator, mediator dan motivator pembelajaran, dan proses interaksinya menitikberatkan pada “method of inquiry and discovery”.